คณะเทคโนโลยีการเกษตร จัดตั้งขึ้นเป็นคณะเมื่อ พ.ศ. 2542 ซึ่งประกอบด้วยโปรแกรมวิชาหลัก 2 โปรแกรมวิชา คือ โปรแกรมวิชาเกษตรศาสตร์ และโปรแกรมวิชาคหกรรมศาสตร์ ทั้งสองโปรแกรมวิชา มีหลักวิชาที่ให้ความรู้สอดคล้องสัมพันธ์กันในรูปธรรมได้อย่างมากที่สุดโปรแกรมวิชาหนึ่ง จึงได้จัดรวมทั้ง 2 โปรแกรมวิชาเข้าเป็นคณะเทคโนโลยีการเกษตร เพื่อจัดการศึกษาให้กับท้องถิ่นต่อไป และก่อนที่ทั้งสองโปรแกรมวิชาจะมารวมกัน ต่างมีประวัติความเป็นมาที่น่าสนใจ สร้างบุคลากรที่มีชื่อเสียงและมีคุณประโยชน์ให้กับท้องถิ่นมาเป็นเวลายาวนานและเป็นที่ภาคภูมิใจของท้องถิ่นดังรายละเอียดต่อไปนี้
ปี พ.ศ. 2507 โรงเรียนฝึกหัดครูสกลนคร เริ่มเปิดสอนระดับ ป.กศ. มีหมวดวิชาหลายหมวดวิชาด้วยกันและหนึ่งในหมวดวิชานั้นคือหมวดวิชาคหกรรมศาสตร์ มีครู อาจารย์ประมาณ 7 คน (พ.ศ. 2513) ซึ่งเดิมวิชาในหมวดคหกรรมศาสตร์ ได้จัดเป็นวิชาพื้นฐานชื่อวิชาอาหาร และโภชนาการ ในระดับ ป.กศ.สูง ขณะเดียวกันอีกหมวดวิชาหนึ่งคือ หมวดวิชาเกษตร เริ่มเปิดสอน ระดับ ป.กศ. มีครู อาจารย์เพียง 1 คน ต่อมา พ.ศ. 2513 มีอาจารย์เพิ่มเป็น 3 คน จากนั้นโรงเรียน ฝึกหัดครูสกลนคร เปลี่ยนชื่อเป็นวิทยาลัยครูสกลนคร
ปี พ.ศ. 2514 วิทยาลัยครูสกลนคร ได้ทำการเปิดสอนวิชาเอกเกษตรศาสตร์ในระดับ ป.กศ.สูง ที่เรียกว่า ป.กศ.สูงเกษตร เป็นแห่งแรกและรุ่นแรก โดยรับนักศึกษามาจากวิทยาลัยครูทั่วประเทศ มาศึกษาต่อที่วิทยาลัยครูสกลนคร เมื่อจบการศึกษาระดับ ป.กศ.สูง จะได้ออกไปเป็นครูที่มีประสิทธิภาพต่อไป ต่อมาในปี พ.ศ. 2529 ทุกหมวดวิชา พัฒนาเป็น ภาควิชา จึงเกิดภาควิชาคหกรรมศาสตร์, ภาควิชาเกษตรศาสตร์ ซึ่งดำเนินการสอนในระดับอนุปริญญา และปริญญาตรี เช่นเดียวกัน
ปี พ.ศ. 2542 สำนักงานสภาสถาบันราชภัฏ ได้กำหนดให้แต่ละสถาบันราชภัฏมีแนวทางในการพัฒนาสถาบันและให้โอกาสในการให้บริการวิชาการแก่สังคมมากขึ้น โดยมีการจัดหน่วยงานใหม่เกิดขึ้น คือ คณะเทคโนโลยีการเกษตร การก่อตั้งขึ้นจากการรวมภาควิชาเกษตรศาสตร์และภาควิชา คหกรรมศาสตร์ เป็นคณะเทคโนโลยีการเกษตรตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการแบ่งส่วนราชการในสถาบัน ลงวันที่ 27 กันยายน 2542 ทำหน้าที่งานด้านการจัดการศึกษาทำการผลิตบัณฑิตสาขาเกษตรศาสตร์และ คหกรรมศาสตร์ ทั้งในระดับอนุปริญญาและปริญญาตรี
ปี พ.ศ. 2550 ได้จัดการเรียนการสอนจำนวน 9 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาเกษตรศาสตร์ สาขาวิชาพืชศาสตร์ สาขาวิชาสัตวบาล สาขาวิชาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ สาขาวิชาคหกรรมศาสตร์ทั่วไป สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร สาขาวิชาเทคโนโลยีการเกษตร สาขาวิชาเทคนิคการสัตวแพทย์ และสาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรมการเกษตร
ปี พ.ศ. 2552 คณะเทคโนโลยีการเกษตร ได้จัดทำโครงสร้างการบริหารสาขาวิชาใหม่ ประกอบไปด้วย 4 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาสัตวศาสตร์ สาขาวิชาพืชศาสตร์ สาขาวิชาการประมง และสาขาวิชาเทคโนโลยีการอาหาร และมีหลักสูตรที่เปิดทำการเรียนการสอนจำนวน 4 สาขาวิชา ได้แก่ สาขาวิชาเทคโนโลยีการอาหาร สาขาวิชาเทคนิคการสัตวแพทย์ สาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรมการเกษตร และสาขาวิชาเทคโนโลยีการเกษตร ประกอบไปด้วย 3 แขนงวิชา คือ แขนงวิชาเทคโนโลยีการผลิตสัตว์ แขนงวิชาเทคโนโลยีการประมง และแขนงวิชาเทคโนโลยีการผลิตพืช
ต่อมาเมื่อวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2553 คณะเทคโนโลยีการเกษตร ได้ย้ายที่ทำการไปอาคารคณะเทคโนโลยีการเกษตรหลังใหม่ ซึ่งเป็นอาคาร 4 ชั้น ประกอบด้วย ชั้นที่ 1 เป็นห้องผู้บริหาร ห้องสำนักงานคณบดี ห้องประชุม ชั้นที่ 2-4 เป็นห้องสำนักงานสาขาวิชา ห้องบรรยาย ห้องปฏิบัติการ ห้องสมุดและห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์
ตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2555 จนถึงปัจจุบัน คณะเทคโนโลยีการเกษตรได้ทำการพัฒนาและปรับปรุงหลักสูตรของคณะเพื่อให้ได้ตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิ จำนวน 6 หลักสูตร คือ
1) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีการเกษตร
2) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคนิคการสัตวแพทย์
3) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการอาหาร
4) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาพืชศาสตร์
5) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาบริหารธุรกิจการเกษตร
6) หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการประมง
และอีก 2 หลักสูตรร่วมกับคณะครุศาสตร์ คือ
1) หลักสูตร ค.บ. สาขาวิชาเกษตรศาสตร์ และ
2) หลักสูตร ค.บ. สาขาวิชาคหกรรมศาสตร์